Amélie se décrit comme ayant passé ses premiers mois dans un état de conscience proche du néant, un état de non-vie totale, souvent assimilé à un "tube" biologique sans désir ni volonté.  Le film met en scène l'événement déclencheur qui la fait sortir de cette léthargie : la découverte du sucre (un morceau de chocolat blanc), qui lui révèle l'existence du désir, du goût, et donc, de la vie.  Le Japon, avec sa culture et ses paysages, sert de cadre à cette "naissance" intellectuelle et émotionnelle. La beauté et la rigueur de ce pays contrastent avec l'état primitif de l'enfant.

Née « légère », selon les termes du médecin, Amélie est incapable de bouger ou d'exprimer le moindre sentiment pendant la majeure partie de sa petite enfance. Ses parents, cependant, ne semblent pas s'en préoccuper, et lorsqu'un tremblement de terre survient avant son troisième anniversaire, ses secousses provoquent un éveil qui propulse la fillette dans le domaine de l'intersubjectivité verbale. « Comme la pluie », observe-t-elle, « j'étais exquise et périlleuse, bienveillante et mortelle, silencieuse et tempétueuse. » Forts d'un existentialisme français joyeux, Vallade et Han construisent à partir de cette observation un prisme d'une transcendance saisissante, reflet de la curiosité et de la liberté de l'enfance, soumettant le regard d'Amélie à une introspection omnisciente. Née en Belgique d'un père diplomate, mais en poste en Extrême-Orient (au Japon) avec deux frères et sœurs aînés relativement normaux, elle en vient à être témoin d'un déracinement et d'une incomplétude lancinants du monde qui l'entoure : la race, le genre et même la langue se présentent comme des faits impénétrables à un esprit animé par la fiction.

Une introspection précieuse et profondément personnelle attend ainsi le spectateur, pour qui Petite Amélie évoquera sans doute l'émerveillement impressionniste des premiers films de Miyazaki. Chaque tournant du film annonce une découverte, un témoignage, une réinscription du langage dans la trame de la conscience. La plus proche confidente d'Amélie, sa nourrice japonaise Nishio, l'initie sereinement au grand mystère de la vie – « une grande bouche qui mord sans épargner rien », comme le dit Amélie – mais l'épargne aussi de l'indignité et de l'horreur directes de la conscience de la mort. Cette jeune fille devra en faire l'expérience par elle-même, que ce soit à travers la distance et la fragilité de sa grand-mère ou en frôlant la noyade à deux reprises ; elle devra ainsi se confronter à l'étrangeté de l'existence. Mêlant la finesse de l'aquarelle à la clarté expressive de l'animation japonaise, les cinéastes tentent avec noblesse, et non sans succès, de transposer à l'écran le texte transculturel et métaphysique de Nothomb. Le résultat est parfois subtil, mais les idées qu'il suscite sont indélébiles. L'une de ces idées, celle des petits enfants comme des dieux invulnérables qui sombrent lentement dans la mortalité, évoque une dimension spirituelle tout en incarnant (involontairement) une singularité de la traduction. Le sous-titre français du roman, « la métaphysique des tubes », se muant en le plus simple « caractère de la pluie », fait écho à la transition d'Amélie, de sa forme originelle – réceptacle de pure présence – à un flux corporel de pure sublimation. Tels sont les voyages que nous devons tous entreprendre, et d'où nous tirons la joie paisible de nous retourner sur notre passé.