Selon le leaker Tom Henderson, un nouveau chapitre de Prototype est actuellement en développement . La rumeur a été lancée par un utilisateur de Reddit, Bigbyy, qui a partagé des informations provenant d'une enquête confidentielle de YouGov, pour laquelle il a signé un NDA (accord de non-divulgation). Bien qu'il ne s'agisse pas d'un véritable test de jeu, l'enquête semble confirmer certaines fonctionnalités déjà prévues pour les jeux à venir, y compris ce nouveau Prototype. Selon les rumeurs, le jeu verra le retour d'Alex Mercer en tant que protagoniste, avec le gameplay emblématique basé sur la mutation et la possibilité de prendre l'apparence d'autres personnes pour infiltrer des zones spécifiques de la carte. Cette fois encore, le décor sera New York, désormais élément distinctif de la série.

La nouvelle arrive à un moment où la franchise semblait complètement abandonnée. Le dernier chapitre, Prototype 2, remonte à 2012 et, malgré sa réédition sur Xbox One et PlayStation 4 en 2015, il n'a pas réussi à conquérir un large public. Activision a lui-même admis à l'époque que les ventes n'étaient pas suffisantes, ce qui a même conduit à des réductions de personnel au sein du studio de développement Radical Entertainment.